Эстонский литературный музей состоит из следующих структурных подразделений:
Архивная библиотека (основан в 1909 году) занимается сбором, хранением и предоставлением исследователям все публикаций на эстонском языке независимо от того, где они появились; Публикации по Эстонии и Прибалтике; Печатные материалы о Финно-Угорских народах.
Библиографический отдел Архивной библиотеки (основан в 1921 году) составляет общую ретроспективную библиографию эстонской журналистики.
Эстонский архив истории культуры (основан в 1929 году) является центральным учреждением в Эстонии для сбора и организации литературных и культурных материалов (рукописей, писем, документов, дневников, фотографий, произведений искусства).
Эстонский фольклорный архив (основан в 1927 году) является центральным учреждением в Эстонии для сбора и исследования эстонского фольклора.
Отдел фольклористики (основан в 1947 году) занимается изучением образной речи, религии, рассказов и мультимедиа эстонсий и других народов и изданием электронных журналов и созданием цифрового архива.