Kajakas võltsmunal. Tallinn: Vagabund, 2000. 205 lk.
Kevad kahel rannikul, ehk, Tundeline teekond Ameerikasse. Tallinn: Vagabund, 2000. 288 lk.
Silm. Hektor. Tallinn: Tänapäev, 2000. 205 lk.
Kirjutatud. Valitud luuletused. Tallinn: Varrak, 2000. 942 lk.
Euroopa - integratsioon läbi konfliktide. Eessõna Peeter Vihalemm, Raul Eamets. Tartu: [Tartu Ülikooli Euroopa Kolledž], 2001. 20 lk.
Isale. Tallinn: Varrak, 2003. 325 lk. Foto: Jerzy Kaplinski. EKM EKLA, A-181: 773.
Jaan Kaplinski, Johannes Salminen, Ööd valged ja mustad. Kirjavahetus aastast 2001. Tlk Aino Laagus, Mari Allik. Tallinn: Perioodika (Loomingu Raamatukogu), 2003. 108 lk.
Kõik on ime. Koost, järelsõna Thomas Salumets. Tartu: Ilmamaa (Eesti mõttelugu), 2004. 575 lk.
Sõnad sõnatusse. Инакобытие. Tallinn: Vagabund, 2005. 76 lk.
Kaks päikest. Teistmoodi muinasjutud. Tallinn: Tänapäev, 2005. 262 lk.
Põhjatuul ja lõunatuul. Tallinn: Tänapäev, 2006. 94 lk.
Vaikus saab värvideks. 1955-2005. Tallinn: Tänapäev, 2006. 109 lk.
Seesama jõgi. Tallinn: Vagabund, 2007. 321 lk.
Õhtu on õunapuu. Tallinn: TEA, 2007. 59 lk.
Teiselpool järve. Tallinn: Tänapäev, 2008. 101 lk.
Jää… . Tartu: Võluri tagasitulek, 2009. 213 lk.
Paralleele ja parallelisme. Tartu: Tartu Ülikooli Kirjastus (Kaasaegne mõte), 2009. 274 lk.
Teispool sinist taevast. Tallinn: Ajakirjade Kirjastus, 2009. 176 lk.
Lahkujad. Tallinn: Tänapäev, 2009. 180 lk.
Santorini. Teekond Ayia Triadasse. Tartu: Võluri tagasitulek, 2011. 311 lk.
Taivahe heidet tsirk. Luige: Verb, 2012. 64 lk.
Sõprade kirjad on su poole teel. Jaan Kaplinski ja Hellar Grabbi kirjavahetus 1965-1991. Koost, kommenteerinud Sirje Olesk. Tartu: EKM Teaduskirjastus, 2013. 331 lk.
Белые бабочки ночи = Бѣлыя бабочки ночи. Таллинн: Kite, 2014. 91 lk.
Mõtsa ja tagasi. Kujondaja Marge Nelk, pildi tennü Jaan Kaplinski. Võrol: Võro Instituut, 2014. 79 lk.
Jutte. Tallinn: Hea lugu, 2014. 325 lk.
Neljakuningapäev. Tallinn: Kultuurileht (Loomingu Raamatukogu), 2015 [1968]. 79 lk.
Улыбка Вегенера. Ozolnieki: Literature Without Borders, 2017. 70 lk.
Улыбка Вегенера. Ozolnieki: Literature Without Borders, 2017. 70 lk.
Söödist Econi. Tallinn: Hea Lugu, 2018. 123 lk.
Latsepõlve suve. Võru: Võro Instituut, 2019. 70 lk.
Latsepõlve suve. Võru: Võro Instituut, 2019. 70 lk.
Looduses ja loodusega. Mälestusi - mõtisklusi. Võru keelest tlk Maarja Kaplinski, toim Tiia Toomet. [Tallinn]: Paradiis, 2020. 214 lk.
Piirpääsukese Euroopa. Baikalist Assoorideni. Tallinn: Hea Lugu, 2020. 236 lk.
Eesti, esperanto ja teised keeled. Tallinn: Tallinna Ülikooli Kirjastus, 2020. 314 lk.
